1907년(광무 11) 법당의 후불탱화를 비롯하여 신중, 칠성탱화를 조성하였다. 1905년 이른바 을사늑약 이후 의병장 김동신(金東臣)·문태서(文泰瑞)·신명선(申明善)·박춘실(朴春實) 등이 구국항쟁의 대열에서 원통사를 근거지로 항일투쟁을 벌였다. 1949년 일어난 여순사건의 여파로 불에 타버렸다.

1976년 주지로 부임한 배재열 스님이 복원 계획을 세우던 중, 삼보법인 황광석 회장이 개인 재산을 들여 복원을 시작한 지 3년만인 1985년 대웅전, 선초당, 초연교을 새로 고쳐 세움으로써 원통사의 옛 모습을 되찾게 되었다.

최근까지도 다듬고 있는 중이지만, 전체적으로 아담하면서 포근한 느낌이 드는 도량이다. 또 들어서는 진입로는 맑은 물이 흐르는 계곡이 발길을 붙잡고, 주변의 숲도 짙어 상쾌한 느낌이 저절로 든다. 사찰까지 승용차로 접근할 수 있다.